Akademický senát
Akademický senát EU v Bratislave tvoria volení zástupcovia akademickej obce EU v Bratislave. Z celkového počtu členov AS EU v Bratislave tvoria študenti najmenej jednu tretinu. Každá fakulta má v AS EU v Bratislave rovnaký počet zástupcov. Celouniverzitné pracoviská EU v Bratislave majú v AS EU v Bratislave po jednom členovi.
Rektor
Rektor je štatutárnym orgánom EU v Bratislave, riadi ju, koná v jej mene a zastupuje ju navonok. Za svoju činnosť zodpovedá AS EU v Bratislave, ak zákon o vysokých školách neustanovuje inak. Rektora zastupujú prorektori v rozsahu určenom rektorom.
Vedenie univerzity
Vedenie EU v Bratislave je stálym poradným orgánom rektora EU v Bratislave. Členmi vedenia sú rektor, prorektori a kvestor.
Kolégium rektora
Kolégium rektora EU v Bratislave je stálym poradným orgánom rektora. Členmi kolégia rektora sú: rektor, prorektori, dekani, kvestor, predseda AS EU v Bratislave, zástupca odborov, študentského parlamentu a ďalší podľa rozhodnutia rektora.
Vedecká rada
Členov vedeckej rady EU v Bratislave vymenúva a odvoláva rektor po schválení v AS EU v Bratislave. Ich funkčné obdobie je štvorročné. Členmi VR EU v Bratislave sú významní odborníci z oblastí, v ktorých univerzita uskutočňuje vzdelávaciu, výskumnú alebo ďalšiu tvorivú činnosť. Najmenej jedna štvrtina a najviac jedna tretina členov VR EU v Bratislave sú osoby, ktoré nie sú členmi akademickej obce EU v Bratislave.
Správna rada
Správna rada EU v Bratislave je orgán, ktorý uplatňuje a presadzuje verejný záujem v činnosti EU v Bratislave, najmä v súvislosti s využívaním jej majetku a finančných prostriedkov poskytnutých EU v Bratislave štátom.
