Rektorát je výkonným pracoviskom EU ako právneho subjektu, ktoré vykonáva najmä činnosti patriace do kompetencie univerzity, pripravuje podklady pre rozhodnutia akademických funkcionárov a akademických orgánov EU, realizuje ich rozhodnutia a usmerňuje dekanáty fakúlt, vedúcich celouniverzitných pracovísk a účelových zariadení EU.
