Sekretariát rektora je pracoviskom rektora pre administratívnu a organizačnú prácu. Zabezpečuje činnosti súvisiace sprípravou podkladov a návrhov pre rozhodovanie rektora, písomný styk a úlohy súvisiace s činnosťou porád rektora.
Pripravuje podkladové materiály pre rektora, Vedeckú radu EU v Bratislave, kolégium rektora, porady vedenia univerzity, zasadnutia Správnej rady EU v Bratislave a návrhy rektora predkladané Akademickému senátu EU v Bratislave. Za činnosť sekretariátu zodpovedá vedúci sekretariátu rektorovi.
